Radyasyona maruz kalan dört küçük kaplumbağa insan boyutlarına gelir ve büyük bir şehrin kanalizasyonunda kendileri gibi değişime uğramış fare Splinter efendi tarafından dövüş sanatlarında eğitilir. Kaplumbağalara çok sevdiği rönesans ressamları Michelangelo, Raphael, Leonardo ve Donatello'nun isimlerini veren Splinter, onları suçla savaş konusunda yönlendirir.Güzel televizyoncu April, Ninja Kaplumbağaların varlığını keşfedip güvenlerini kazandığında, birlikte kötü savaş beyi Shredder'ın planlarını engellemeye girişirler.